Pada masa ini, timbul persoalan dalam kalangan orang ramai mengenai penggunaan aplikasi National Integrated Immigration System (MyNIISe) serta kaitannya dengan aplikasi MyBorderPass. Situasi tersebut menarik perhatian Ketua Pengarah Imigresen, Datuk Zakaria Shaaban lalu beliau tampil memberikan penjelasan bagi mengelakkan berlakunya salah faham.
Beliau menegaskan bahawa penggunaan MyNIISe belum diwajibkan pada masa ini. Para pengembara yang keluar atau masuk ke Malaysia masih boleh memilih kaedah sedia ada sama ada melalui pintu masuk automatik menggunakan pasport ataupun menggunakan kod QR melalui aplikasi MyBorderPass. Oleh itu, pelancong tidak diwajibkan memuat turun dan menggunakan MyNIISe buat sementara waktu.
Namun begitu, beliau menggalakkan orang ramai menggunakan MyNIISe kerana aplikasi tersebut diyakini dapat mempercepatkan proses pemeriksaan imigresen. Pengguna hanya perlu mendaftar maklumat penting melalui MyDigital ID yang pada masa hadapan akan dijadikan satu-satunya kaedah log masuk.
Kementerian Dalam Negeri sebelum ini menjelaskan bahawa pelaksanaan MyDigital ID merupakan sebahagian daripada inisiatif NIISe. Inisiatif tersebut bertujuan untuk mengesahkan identiti pengguna dengan lebih selamat melalui pangkalan data Jabatan Pendaftaran Negara (JPN) tanpa menyimpan sebarang data peribadi.
